В Праге уже более 5 лет не возят из отелей на экскурсии, т.к. весь центр Праги - пешеходная зона. Об этом Вас должно было предупредить Ваше агентство.
Про то, что на выездные экскурсии нужно брать паспорт написано в памятке, которая прикладывается к каждому пакету документов.